La aeronave partió del aeropuerto de Yakarta a las 6.20 hora local (23.20 GMT del domingo) con destino a Pangkal Pinang cuando alrededor de las 6.33 (23.33 GMT) desapareció de los radares, informa el canal Kompas TV.
El director de la agencia nacional de emergencia, Muhammad Syaugi, indicó que en esos momentos estiman que la aeronave se encontrara sobrevolando el mar de Java.
Syaugi evitó precisar si el avión se ha estrellado.
"Lo que está claro es la pérdida de contacto. Queremos comprobarlo físicamente", dijo el director a Kompas TV.
Los servicios de emergencia han montado un operativo para asistir a las posibles víctimas de la aeronave, que hasta el momento se desconoce su paradero.
El avión, un Boeing 737 con número de vuelo JT 610, tenía previsto aterrizar una hora después de su partida en la citada ciudad de la isla de Bangka.unicado, en alusión a ese vuelo de menos de una hora con destino Pangkal Pinang, una ciudad situada al norte de la capital.